专利申请文档是在专利申请审查程序中以及专利权有效期内逐步形成、并作为原始记录保存起来以备查考的各种文件的集合，包括案卷和电子文档。专利申请文档是专利局进行审批和作出各种结论的依据。
案卷包括案卷夹和案卷夹内的各种文件。
案卷夹用于保存文件，同时也用于记录案卷的重要内容，因此案卷夹是案卷的一个重要组成部分。
当案卷夹遭到自然或者人为的损坏需要更换新案卷夹时，应当将案卷夹上的全部记录移至新案卷夹上，并将原案卷夹与案卷同时保存，不得销毁。
专利申请案卷中的文件主要来自以下几个方面：
（1）申请人提出专利申请时，提交的专利申请文件及其他文件。
（2）专利局在对专利申请文件及其他文件进行审查的过程中，申请人应审查员要求作出的各种答复。
（3）提出专利申请之后申请人主动办理各种手续时提交的文件及证明材料。
（4）在专利申请审查程序中以及专利权有效期间内，任何人依法对专利申请（或者专利）提交的各种文件以及人民法院等部门对这些文件审理后产生的文件。
（5）其他相关文件。
上述文件经过处理、立卷、归档形成案卷的重要组成部分。
立卷时应当遵循以下原则：
同一申请人（或者专利权人）对若干专利申请（或者专利） 办理内容完全相同的手续时，应当分别对所有专利申请（或者专利）提出请求，这些文件将被归入各自的案卷中。申请人（或者专利权人）不得使用“参见”的方式省略文件。对于专利申请集体进行申请人（或者专利权人）名称变更或者权利转移的，证明文件副本由专利局确认后，与正本具有同等效力。
专利申请案卷应当按照各文件处理时间的先后顺序立卷。
电子文档的建立应当参照本章第2. 3节的原则，并包括以下内容：
（1）专利局基于当事人提交的纸件文件制作的图形文件和代码化文件；
（2）当事人按照规定形式提交的核苷酸或者氨基酸的序列表；
（3）在专利审批程序和复审、无效宣告程序中，专利局作出的通知、决定（如补正通知书、驳回决定等）及其他文件（如发明专利申请单行本，发明专利、实用新型专利和外观设计专利单行本等）；
（4）专利费用的相关数据；
（5）与专利申请或者专利审批有关的法律状态及变化的历史记录；
（6）在专利审批程序中全部著录项目及其变更的历史记录；
（7）当事人以电子申请方式提交的电子文件；
（8）专利权评价报告；
（9）分类号、所属审查部门、各种标记（如优先权标记、
实审请求标记、保密标记等）。
专利申请文档是对专利审批、复审、无效宣告等法律程序和涉及由权利归属纠纷引起的相关程序的真实记录。
（1）专利局对公布前的发明专利申请、授权公告前的实用新型和外观设计专利申请负有保密责任。在此期间，查阅和复制请求人仅限于该案申请人及其专利代理师。
（2）任何人均可向专利局请求查阅和复制公布后的发明专利申请案卷和授权后的实用新型和外观设计专利申请案卷。
（3）对于已经审结的复审案件和无效宣告案件的案卷，原则上可以查阅和复制。
（4）专利局相关部门对尚未审结的复审和无效案卷负有保密责任。对于复审和无效宣告程序中的文件，查阅和复制请求人仅限于该案当事人。
（5）案件结论为视为未提出、不予受理、主动撤回、视为撤回的复审和无效案卷，对于复审和无效宣告程序中的文件，查阅和复制请求人仅限于该案当事人。
（6）专利局根据审查需要要求当事人提供的各种文件，原则上可以查阅和复制。但查阅和复制行为可能存在损害当事人合法权益，或者涉及个人隐私或者商业秘密等情形的除外。
（7）涉及国家利益或者因专利局内部业务及管理需要在案卷中留存的有关文件，不予查阅和复制。
（1）对于公布前的发明专利申请、授权公告前的实用新型和外观设计专利申请，该案申请人或者代理师可以查阅和复制该专利申请案卷中的有关内容，包括：申请文件，与申请直接有关的手续文件，以及在初步审查程序中向申请人发出的通知书和决定书、申请人对通知书的答复意见正文。
（2）对于已经公布但尚未公告授予专利权的发明专利申请案卷，可以查阅和复制该专利申请案卷中的有关内容，包括：
申请文件，与申请直接有关的手续文件，公布文件，在初步审查程序中向申请人发出的通知书和决定书、申请人对通知书的答复意见正文，以及在实质审查程序中向申请人发出的通知书、检索报告和决定书。
（3）对于已经公告授予专利权的专利申请案卷，可以查阅和复制的内容包括：申请文件，优先权文件，与申请直接有关的手续文件，发明专利申请单行本，发明专利、实用新型专利和外观设计专利单行本，专利登记簿，专利权评价报告，以及在各已审结的审查程序（包括初步审查、实质审查、复审和无效宣告等）中专利局向申请人或者有关当事人发出的通知书、检索报告和决定书、申请人或者有关当事人对通知书的答复意见。
（4）对于处在复审程序、无效宣告程序之中尚未结案的专利申请案卷，因特殊情况需要查阅和复制的，经有关方面同意后，参照上述第（1）和第（2）项的有关规定查阅和复制专利申请案卷中进入当前审查程序以前的内容。
查阅和复制专利申请案卷中的文件，应当按照下列顺序进行：
（1）请求人提出书面请求并缴纳规定费用。
（2）专利局工作人员在审核请求人出具的有关证明或者证件后，到案卷所在部门提取案卷，根据本章第5. 2节的规定对案卷进行整理，取出不允许查阅和复制的文件。
（3）与请求人约定查阅时间并发出查阅通知书。
（4）查阅人凭查阅通知书到指定地点查阅文件，对需要复制的文件进行复制。
（5）专利局工作人员对查阅完毕的专利申请案卷重新整理，并将请求阅档的证明原件和证件复印件存入案卷后，将该案卷退回所在部门。
已结案的案卷可分成：未授权结案（视为撤回、撤回和驳 回等）的案卷和授权后结案（视为放弃取得专利权、主动放弃专利权、未缴年费专利权终止、专利权期限届满和专利权被宣告全部无效等）的案卷两种。
未授权结案的案卷保存期限为二年；授权后结案的案卷保存期限为三年。保存期限自结案日起算。
有分案申请的原申请的案卷的保存期从最后结案的分案的结案日起算。
作出不受理决定的专利申请文件保存期限为一年。保存期限自不受理通知书发出之日起算。
销毁前通过计算机作出案卷销毁清册，该清册记载被销毁的案卷的案卷号、基本著录项目、销毁日期。清册经主管局长签署同意销毁后，由主管案卷部门实施销毁工作。